Về xuất thân của Sasaki Kojirō thì còn nhiều điểm không rõ ràng. Có thuyết cho rằng Kojirō ra đời trong một gia đình hào tộc có thế lực ở làng Fukuda, quận Tagawa thuộc xứ Buzen (nay là tỉnh Fukuoka). Trong cuốn "Nhị Thiên ký" (Nitenki) do Toyoda Kagehide ở phiên trấn Kumamoto biên tập vào năm An-ei thứ 5 (1776) thì ghi rằng Kojirō xuất thân từ làng Jōkyōji thuộc xứ Echizen (nay là tỉnh Fukui) và hội đắc được bí kiếm "Tsubame-gaeshi" tại thác nước Ichijō-taki thuộc địa phận Fukui. Trong tiểu thuyết "Miyamoto Musashi", tác giả Yoshikawa Eiji viết rằng Kojirō xuất thân từ xứ Suō. Năm sinh của Kojirō được cho là vào niên hiệu Tenshō hoặc Eiroku. Kojirō họ Sasaki, nhưng trong sách "Tanji Hōkin Hikki" thì ghi là họ Tsuta.

Sasaki Kojirō được cho là theo học kiếm pháp với Toda Seigen, cao thủ phái Chūjō-ryū, lại có thuyết khác cho rằng Kojirō là đệ tử của Kanemaki Jisai, học trò của Toda Seigen. Đầu tiên Kojirō theo thờ họ Mōri ở xứ Aki, lang thang khắp các xứ để trau dồi võ công, sáng tạo ra thế kiếm "Tsubame-gaeshi" và gây dựng nên phái kiếm Gan-ryū. Sau Kojirō giữ chức Shihan dạy kiếm thuật cho chúa phiên Kokura. Năm Keichō thứ 17 (1612), Kojirō sử thanh trường kiếm Bizen Osafune Nagamitsu dài 3 thước 3 thốn (chừng 1 mét) quyết đấu với kiếm khách giang hồ Miyamoto Musashi trên đảo Ganryū và chết trong trận đấu đó. Vì thua trận nên hậu thế gọi thanh kiếm của Kojirō bằng tục danh "Monohoshi-zao", nghĩa là cây sào phơi đồ, với ý châm chọc là kiếm chỉ dài thôi chứ chẳng chém được ai.Rất nhiều sử liệu ghi chép rằng Kojirō thua chết trong trận quyết đấu trên đảo Ganryū với Miyamoto Musashi, nhưng theo Numata Nobumoto, quan Gia Lão của lãnh chúa Hosokawa phiên Kokura viết lại trong cuốn sách của ông là "Numata kaki" (ký ghi chép của họ Numata) thì Musashi đã không giết chết Kojirō trong trận đấu đó. Kojirō đấu thua, chặp sau tỉnh lại thì bị đám đệ tử của Musashi giết chết. Numata cũng viết rằng chúng đệ tử của Kojirō hận Musashi vì đấu thua, toan tập kích Musashi nhưng nhờ Numata giúp đỡ mà Musashi thoát được. Sách viết nguyên nhân dẫn đến trận quyết đấu trên đảo là do đám đệ tử quá khích của hai người tranh cãi hơn thua về sư phụ chúng.